对于根系发达的沉水植物如眼子菜、苦草、狐尾藻等，可通过根吸收和促进沉积物中化学反应等方式对内源污染进行控制，削减浮游植物营养盐来源。
化感作用
沉水植物分泌的化感物质可抑制水体中浮游植物的生长，减弱浮游植物或附着藻的遮阴效应，促进自身生长。化感物质可使藻类细胞的生理作用产生变化，如影响抗化酶活性、碱性磷酸酶活性，沉水植物苦草基地，促进---醛等有毒物质积累，从而引起藻类生物量的减少。通过化感物质抑制藻类生长的沉水植物至少有37种，其中以狐尾藻、金鱼藻、伊乐藻、茨藻、轮藻等的化感作用较明显。
研究发现，苦草基地，在富营养湖泊(氮0.93mg/l；磷0.33 mg/l)，附着藻对沉水植物的遮阴达到86%。当水体中磷浓度大于0.05 mg/l时，藻类大量生长形成水华；藻类释放的有色溶解有机颗粒物(particulate organic matter，水生苦草基地，pom)增加光散射，导致光衰减(蓝光，波长476~495nm)也随之增加，从而影响沉水植物的光吸收效率，引起水体底层缺氧及植物根系腐烂等现象发生。水华暴发形成气泡浮渣也会增加光的衰减，对沉水植物造成影响。藻类形成的附着生物膜不仅影响沉水植物叶片表面的光吸收，还阻碍叶片对无机碳的吸收，影响碳酸盐在叶片表面的扩散 。
水体富营养化不仅影响水资源的利用、渔业的发展，而且会---有害藻类的暴发，使水域丧失生态功能和价值。同时，水体富营养化还给人们的生活和经济带来---的危害和损失。相关调查表明，水生植物苦草基地，我国湖泊、水库富营养化的比例分别为77.00%、30.80%，湖泊富营养化成为我国---的水环境问题之一。
沉水植物作为初级生产者，在水生态系统中起着重要作用，重建沉水植物群落结构被认为是修复富营养化水体的有效手段。我国富营养化浅水湖泊成功修复的案例以惠州西湖和太湖五里湖为典型。
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